[Detection of microRNAs seed sequences within human papillomavirus genomes]

Rev Med Inst Mex Seguro Soc. 2015:53 Suppl 2:S140-53.
[Article in Spanish]

Abstract

In this paper we are reporting for the first time the presence of seed sequences of human and viral microRNAs embedded within both high and low risk human papillomavirus (HPV) genomes. These seed sequences have high oncogenic potential. They were found using an in silico analysis based on the microRNA sequences added to Sanger's database. Among these sequences, it was observed a potential fingerprint harbouring several repeated sequences of microRNA 297 (miR-297) within the LCR region of HPV types 16, 18, 33, 45 and 52. Further analyses were performed for low risk HPV types 6 and 11 and we observed that the probable fingerprint was absent in HPV11, even when we detected other repeated sequences of miR-363. According to these findings, besides the fact that we detected the presence of microRNA sequences within HPV genomes, we suggest a common putative viral mechanism of gene expression regulation shared among human virus.

En el presente trabajo reportamos por primera vez la existencia de secuencias semilla de diferentes microRNAs (codificados en humano y de otros virus) en el genoma de los virus de papiloma humano (VPH). Estas secuencias tienen un alto poder oncogénico y se encontraron mediante un análisis in silico basado en las secuencias de microRNAs depositadas en la base de datos de Sanger. Entre ellas se detectó una posible huella que consiste en la presencia de varias repeticiones de la semilla del microRNA 297 (miR-297) en la región LCR y que fue detectada en los tipos virales 16, 18, 33, 45 y 52. Además, se realizó la búsqueda de semillas en los tipos virales de bajo poder oncogénico 6 y 11 y se observó que esta posible huella está ausente en el tipo 11, si bien se localizaron repeticiones de la semilla de otro microRNA, miR-363. Con base en este hallazgo, además de que se detectaron semillas de otros virus en las diferentes regiones de los seis tipos virales, se abre la posibilidad de la existencia de un mecanismo de regulación de la expresión de genes celulares a través de la transcripción de las diferentes regiones del genoma de los VPH de alto poder oncogénico que contienen las diferentes semillas de microRNAs.

Keywords: HPV; MicroRNAs.

MeSH terms

  • Databases, Nucleic Acid
  • Gene Expression Regulation, Viral
  • Humans
  • MicroRNAs / analysis*
  • Papillomaviridae / genetics*
  • Sequence Analysis, RNA / methods*

Substances

  • MicroRNAs