ISSN: 0443-511
e-ISSN: 2448-5667
Usuario/a
Idioma
Herramientas del artículo
Envíe este artículo por correo electrónico (Inicie sesión)
Enviar un correo electrónico al autor/a (Inicie sesión)
Tamaño de fuente

Open Journal Systems

Metaanálisis de pruebas diagnósticas para la detección de COVID-19 /Meta-analysis of diagnostic tests for the detection of COVID-19

Diana Ochoa-Díaz, Soraya Mendoza-Olazarán, Xristo Zarate, Néstor Casillas-Vega

Resumen


Resumen

Introducción: la enfermedad COVID-19 surgió a finales de 2019 y se empezó a considerar pandemia a principios de 2020. La metodología de referencia para su diagnóstico es la prueba RT-qPCR.

Objetivo: se evalúo la sensibilidad y la especificidad de kits de pruebas moleculares que se encuentran en la lista de pruebas del Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE).

Material y métodos: a partir del uso de las plataformas PubMed y Google Scholar se realizó una búsqueda de artículos, de los cuales se seleccionaron 14 y se recuperó el número de muestras analizadas y su estado (positivo o negativo) según el método molecular de referencia, el nombre del kit de prueba utilizado, así como las características y los resultados obtenidos, expresados como verdaderos positivos, falsos negativos, verdaderos negativos y falsos positivos. Se calculó la sensibilidad y la especificidad de ocho kits con la compilación de calculadoras estadísticas OpenEpi versión 3.01, mediante el método de puntos de Wilson con un intervalo de confianza de 95%.

Resultados: los kits evaluados tuvieron una sensibilidad y una especificidad superior al 90%.

Conclusiones: las pruebas permiten detectar la presencia o ausencia del virus, pero pueden verse afectadas por condiciones durante las etapas del método. 

 

Abstract

Background: COVID-19 disease emerged at the end of 2019 and it started to be considered a pandemic at the beginning of 2020. The reference methodology for the COVID-19 diagnosis is the RT-qPCR.

Objective: It was assessed the sensitivity and specificity of molecular test kits found on the list of tests of the Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE, Institute for Epidemiologic Diagnosis and Reference).

Material and methods: By using the PubMed and the Google Scholar platforms, a search was carried out for articles, out of which 14 were selected, retrieving the number of samples analyzed and their status (positive or negative), according to the molecular reference method, the name of the test kit used, as well as the characteristics and results obtained, expressed as true positives, false negatives, true negatives and false positives. Sensitivity and specificity of 8 kits were calculated, with compilations of the OpenEpi, version 3.01, statistical calculators, by using the Wilson score with a 95% confidence interval.

Results: The sensitivity and specificity results for the kits were greater than 90%. Conclusions: Tests evaluated allow the detection of presence or absence of virus, but they can be affected by conditions during the stages of the method.

 


Palabras clave


Coronavirus; Reacción en Cadena de la Polimerasa; Sensibilidad y Especificidad / Coronavirus; Polymerase Chain Reaction; Sensitivity and Specificity

Texto completo:

PDF PubMed

Referencias


Aguilar-Ramírez P, Enríquez-Valencia Y, Quiroz-Carrillo C, Valencia-Ayala E, de León-Delgado J, Pareja-Cruz A. Pruebas diagnósticas para la COVID-19: La importancia del antes y el después. Horiz Med. 2020;20(2): e1231. doi: 10.24265/horizmed.2020.v20n2.14

 

Organización Mundial de la Salud. COVID-19: Cronología de la actuación de la OMS. OMS: 27 de abril de 2020. Disponible en: https://www.who.int/es/news-room/detail/27-04-2020-who-timeline---covid-19 [Consultado el 7 de septiembre de 2020].

 

Gobierno de México. COVID-19 México: Información general. Disponible en: https://coronavirus.gob.mx/datos/ [Consultado el 7 de septiembre de 2020].

 

Quiroz-Carrillo C, Aguilar-Ramírez P, Pareja-Cruz A, Enríquez-Valencia Y, Valencia-Ayala E, De León-Delgado J. Un nuevo coronavirus, una nueva enfermedad: COVID-19. Horiz Med (Lima) 2020;20(2):e1208. doi: 10.24265/horizmed.2020.v20n2.11

 

Pérez-Abreu M, Gómez-Tejeda J, Dieguez-Guach R. Características clínico- epidemiológicas de la COVID-19. Rev Haban Cienc Med. 2020;19(2):e3254. Disponible en: http://www.revhabanera.sld.cu/index.php/rhab/article/view/3254

 

Secretaría de Salud. Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos Dr. Manuel Martínez Báez. Disponible en: https://www.gob.mx/salud/acciones-y-programas/instituto-de-diagnostico-y-referencia-epidemiologicos-indre [Consultado el 20 de octubre de 2020].

 

Bustin SA, Benes V, Garson JA, Hellemans J, Huggett J, Kubista M, et al. The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments. Clin Chem. 2009;55(4):611-22. doi: 10.1373/clinchem.2008.112797

 

Secretaría de Salud. Lineamiento estandarizado para la vigilancia epidemiológica y por laboratorio de la enfermedad respiratoria viral. Mayo de 2020. Disponible en: https://coronavirus.gob.mx/wp-content/uploads/2020/06/Lineamiento_VE_Lab_enfermedad_respiratoria_viral-_20052020.pdf [Consultado el 11 de abril de 2021].

 

Organización Panamericana de la Salud. Directrices de laboratorio para la detección y el diagnóstico de la infección por el virus responsable de la COVID-19. 8 de julio de 2020. Disponible en: https://iris.paho.org/bitstream/handle/10665.2/52471/OPSIMSPHECOVID-19200038_spa.pdf?sequence=1&isAllowed=y [Consultado el 11 de abril de 2021].

 

Mohammed-Khairat S, EL Guindy N, Mohammad-Salah E, Salah-Soliman N. Evaluation of Two Rapid Antigen Tests for Detection of SARS-CoV-2 Virus. Int J Microbiol Biotechnol. 2020;5(3):131-4. doi: 10.11648/j.ijmb.20200503.18

 

Gomez-Marin J, Castellanos J, Rodríguez-Morales A, Cardona-Ospina J, Forero-Duarte J, Mattar J et al. Consenso de grupo Ad-hoc sobre recomendaciones para la evaluación y controles de calidad para el diagnóstico molecular y serológico de la infección humana por SARS-CoV-2. Infectio. 2020;24(3):5-10. doi: 10.22354/in.v24i3.868

 

Beltrán-Pavez C, Alonso-Palomares LA, Valiente-Echeverría F, Gaggero A, Soto-Rifo R, Barriga GP. Accuracy of a RT-qPCR SARS-CoV-2 detection assay without prior RNA extraction. J Virol Methods. 2021; 287:113969. doi: 10.1016/j.jviromet.2020.113969

 

Dust K, Hedley A, Nichol K, Stein D, Adam H, Karlowsky J, et al. Comparison of commercial assays and laboratory developed tests for detection of SARS-CoV-2. J Virol Methods. 2020;285:113970. doi: 10.1016/j.jviromet.2020.113970

 

Craney AR, Velu PD, Satlin MJ, Fauntleroy KA, Callan K, Robertson A, et al. Comparison Of Two High-Throughput Reverse Transcription-PCR Systems For The Detection Of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2. J Clin Microbiol. 2020 Jul 23;58(8):e00890-20. doi: 10.1128/JCM.00890-20

 

Lieberman JA, Pepper G, Naccache SN, Huang ML, Jerome KR, Greninger AL. Comparison of Commercially Available and Laboratory-Developed Assays for In Vitro Detection of SARS-CoV-2 in Clinical Laboratories. J Clin Microbiol. 2020;58(8):e00821-20. doi: 10.1128/JCM.00821-20

 

Moran A, Beavis KG, Matushek SM, Ciaglia C, Francois N, Tesic V, et al. Detection of SARS-CoV-2 by Use of the Cepheid Xpert Xpress SARS-CoV-2 and Roche cobas SARS-CoV-2 Assays. J Clin Microbiol. 2020;58(8):e00772-20. doi: 10.1128/JCM.00772-20

 

Visseaux B, Le Hingrat Q, Collin G, Ferré V, Storto A, Ichou H, et al. Evaluation of the RealStar® SARS-CoV-2 RT-qPCR kit RUO performances and limit of detection. J Clin Virol. 2020; 129:104520. doi: 10.1016/j.jcv.2020.104520

 

Yip CCY, Sridhar S, Cheng AKW, Leung KH, Cho GK, Chen JH, et al. Evaluation of the commercially available LightMix® Modular E-gene kit using clinical and proficiency testing specimens for SARS-CoV-2 detection. J Clin Virol. 2020;129:104476. doi: 10.1016/j.jcv.2020.104476

 

Wirden M, Feghoul L, Bertine M, Nere ML, Le Hingrat Q, Abdi B, et al. Multicenter comparison of the Cobas 6800 system with the RealStar RT-qPCR kit for the detection of SARS-CoV-2. J Clin Virol. 2020;130:104573. doi: 10.1016/j.jcv.2020.104573

 

Procop GW, Brock JE, Reineks EZ, Shrestha NK, Demkowicz R, Cook E, et al. A Comparison of Five SARS-CoV-2 Molecular Assays With Clinical Correlations. Am J Clin Pathol. 2020;155(1):69-78. doi: 10.1093/ajcp/aqaa181

 

Degli-Angeli E, Dragavon J, Huang ML, Lucic D, Cloherty G, Jerome KR, et al. Validation and verification of the Abbott RealTime SARS-CoV 2 assay analytical and clinical performance J Clin Virol. 2020;129:104474. doi: 10.1016/j.jcv.2020.104474

 

Matzkies LM, Leitner E, Stelzl E, Assig K, Bozic M, Siebenhofer D, et al. Lack of sensitivity of an IVD/CE-labelled kit targeting the S gene for detection of SARS-CoV-2. Clin Microbiol Infect. 2020;26(10):1417.e1-1417.e4. doi: 10.1016/j.cmi.2020.06.036

 

Loeffelholz MJ, Alland D, Butler-Wu SM, Pandey U, Perno CF, Nava A, et al. Multi-center evaluation of cepheid xpert® xpress SARS-CoV-2 point-of-care test during the SARS-CoV-2 pandemic. J Clin Microbiol. 2020;58(8):e00926-20. doi: 10.1128/JCM.00926-20

 

Creager HM, Cabrera B, Schnaubelt A, Cox JL, Cushman-Vokoun AM, Shakir SM, et al. Clinical evaluation of the BioFire® Respiratory Panel 2.1 and detection of SARS-CoV-2. J Clin Virol. 2020;129:104538. doi: 10.1016/j.jcv.2020.104538

 

Cradic K, Lockhart M, Ozbolt P, Fatica L, Landon L, Lieber M, et al. Clinical Evaluation and Utilization of Multiple Molecular In Vitro Diagnostic Assays for the Detection of SARS-CoV-2. Am J Clin Pathol. 2020;154(2):201-7. doi: 10.1093/ajcp/aqaa097

 

Kucirka LM, Lauer SA, Laeyendecker O, Boon D, Lessler J. Variation in False-Negative Rate of Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction-Based SARS-CoV-2 Tests by Time Since Exposure. Ann Intern Med. 2020;173(4):262-7. doi: 10.7326/M20-1495

 

Vogels CBF, Brito AF, Wyllie AL, Fauver JR, Ott IM, Kalinich CC, et al. Analytical sensitivity and efficiency comparisons of SARS-CoV-2 RT-qPCR primer-probe sets. Nat Microbiol. 2020 Oct;5(10):1299-305. doi: 10.1038/s41564-020-0761-6


Enlaces refback

  • No hay ningún enlace refback.