Implementación de PCR isotérmica para detección de virus SARS-CoV-2 / Implementation of isotermic PCR for detection of SARS-CoV-2 virus

Resumen

Resumen

Durante la pandemia por SARS-CoV-2 se implementaron medidas para disminuir el contagio en hospitales. Entre esas medidas se incluyeron pruebas de RT-PCR (reacción en cadena polimerasa por transcriptasa reversa), con tiempo estimado de entrega del resultado de aproximadamente 3 horas. El ensayo Abbott ID NOW™ COVID-19 (Abbott Laboratories Chicago, IL) se hace en un dispositivo portátil por tecnología isotérmica para amplificación de ácidos nucleicos y puede producir un resultado cualitativo en 13 minutos. La finalidad de este artículo es determinar si la concordancia de la PCR isotérmica con la RT-PCR es buena para su implementación en donantes de células troncales hematopoyéticas (CTH). Para realizarlo primero se determinó la concordancia de la PCR isotérmica con RT-PCR utilizando muestras con resultado tanto positivo como negativo a este último método. Después se dio seguimiento en el programa de trasplante y se utilizó la PCR isotérmica para detección de COVID-19 en donadores de CTH previo a la recolección. Se compararon las opiniones entre otros estudios y lo observado en nuestra unidad hospitalaria y contrastó en primer lugar la concordancia encontrada (0.949) y en segundo lugar la experiencia con la implementación de la PCR isotérmica como método de detección, con lo cual concluimos que el ensayo Abbott ID NOWTM COVID-19 es concordante con la RT-PCR convencional para la detección de SARS-CoV-2 y es útil cuando se requiere reducir el tiempo de respuesta.

Abstract

During the SARS CoV-2 pandemic, measures were implemented to reduce contagion in hospitals. Among those measures it was included RT-PCR (reverse transcriptose polymerase chain reaction) tests, with an estimated result delivery time of approximately 3 hours. The Abbott ID NOW™ COVID-19 assay (Abbott Laboratories Chicago, IL) is performed on a portable device using isothermal technology for nucleic acid amplification that can produce a qualitative result in 13 minutes. The purpose of this article was to determine if the concordance of isothermal PCR with RT-PCR is good for its implementation in hematopoietic stem cell (HSC) donors. To do this, the concordance of isothermal PCR with RT-PCR was determined using samples with both positive and negative results for the latter method. Follow-up was then carried out in the transplant program, using isothermal PCR to detect COVID-19 in HSC donors prior to collection. A comparison of opinions was made between other studies and what was observed in our hospital unit, contrasting firstly the concordance found (0.949) and secondly the experience with the implementation of isothermal PCR as a detection method, with which we conclude that the Abbott ID NOWTM COVID-19 assay is concordant with conventional RT-PCR for the detection of SARS-CoV-2, and it is useful when reducing response time is required.