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En la Nueva España, las epidemias y enfermedades endémicas no  preocupaban. Para  la Independencia se había olvidado la epidemia de influenza de 1806. El sarampión era considerado benigno. En 1810 aumentaron los casos de vómito prieto en Veracruz. En 1812, un brote de fiebre amarilla se extendió de Veracruz a Jalapa acompañando los desplazamientos de tropas y matando a casi la cuarta parte de los soldados del Batallón de Castilla. El surgimiento de una fiebre petequial, probablemente tifo, en 1813 inició la epidemia más importante, efecto del hacinamiento, pérdida de hogares, hambre y hábitos deficientes de higiene, derivados de la guerra, movimientos de tropas y desplazamientos de población civil. No faltó la influenza o catarro pestilencial. Se tomaron medidas de detección y aislamiento de enfermos. Las fumigaciones con ácido nítrico y las hogueras en las que se quemaba pólvora estaban entre las medidas de protección a la salud.  Contra la fiebre se usó el naranjate mezclado con crémor tártaro. Es digno de mención el avance y alivio que significó la introducción de la vacuna antivariolosa, único recurso preventivo útil contra la viruela, que abrió paso a salud pública en la época.