Introducción: el tratamiento de las infecciones nosocomiales se dificulta por la tendencia al incremento de la resistencia a antimicrobianos de los gérmenes que las causan. El objetivo fue evaluar las tendencias en la resistencia de las bacterias de aislados de infección nosocomial. 

Métodos: estudio retrospectivo de 2009 a 2012 en un hospital de tercer nivel en Chiapas. 

Resultados: fueron obtenidos 1300 gérmenes, 62.3 % bacterias Gram negativas, 22.8 % Gram positivas y 14.9 % levaduras; Pseudomonas aeruginosa pasó del 47.1 al 60.5 % de resistencia a imipenem; Escherichia coli mostró un aumento en la resistencia a aztreonam, cefepime y ceftazidima; Acitenobacter baumannii incrementó su resistencia a amikacina, cefepime, ceftazidima y ciprofloxacino; Klebsiella pneumoniae disminuyó su resistencia a amikacina y piperacilina/tazobactam; la resistencia a vancomicina fue del 3.6 al 25.5 %. 

Conclusiones: predominaron los gérmenes Gram negativos y mostraron tendencias al incremento en la resistencia antimicrobiana. Hubo un aumento proporcional de la incidencia de infección por E. coli, Candida tropicalis y Staphylococcus haemolyticus. Es indispensable contar con planes y programas para el uso racional y basado en evidencia de antimicrobianos, así como la difusión y el apego a las guías de práctica clínica y la implementación de programas novedosos para la vigilancia y el control de las infecciones hospitalarias, las técnicas de aislamiento y los cuidados generales.