Implementación de PCR isotérmica para detección de virus SARS-CoV-2

Autores/as

  • Esmeralda Campos-Aguirre <p>Instituto Mexicano del Seguro Social, Centro M&eacute;dico Nacional Siglo XXI, Banco de Sangre. Ciudad de M&eacute;xico, M&eacute;xico.</p> http://orcid.org/0000-0002-9013-4701
  • Nelly Davila-Estrella <p>Instituto Mexicano del Seguro Social, Centro M&eacute;dico Nacional Siglo XXI, Banco de Sangre. Ciudad de M&eacute;xico, M&eacute;xico.</p> http://orcid.org/0009-0009-4345-6220
  • Gamaliel Benitez-Arvizu <p>Instituto Mexicano del Seguro Social, Centro M&eacute;dico Nacional Siglo XXI, Banco de Sangre. Ciudad de M&eacute;xico, M&eacute;xico.</p> http://orcid.org/0000-0001-6065-7176

DOI:

https://doi.org/10.5281/zenodo.10998931

Palabras clave:

Prueba de COVID-19, Reacción en Cadena de la Polimerasa de Transcriptasa Inversa, Pruebas en el Punto de Atención

Resumen

Durante la pandemia por SARS-CoV-2 se implementaron medidas para disminuir el contagio en hospitales. Entre esas medidas se incluyeron pruebas de RT-PCR (reacción en cadena polimerasa por transcriptasa reversa), con tiempo estimado de entrega del resultado de aproximadamente 3 horas. El ensayo Abbott ID NOW™ COVID-19 (Abbott Laboratories Chicago, IL) se hace en un dispositivo portátil por tecnología isotérmica para amplificación de ácidos nucleicos y puede producir un resultado cualitativo en 13 minutos. La finalidad de este artículo es determinar si la concordancia de la PCR isotérmica con la RT-PCR es buena para su implementación en donantes de células troncales hematopoyéticas (CTH). Para realizarlo primero se determinó la concordancia de la PCR isotérmica con RT-PCR utilizando muestras con resultado tanto positivo como negativo a este último método. Después se dio seguimiento en el programa de trasplante y se utilizó la PCR isotérmica para detección de COVID-19 en donadores de CTH previo a la recolección. Se compararon las opiniones entre otros estudios y lo observado en nuestra unidad hospitalaria y contrastó en primer lugar la concordancia encontrada (0.949) y en segundo lugar la experiencia con la implementación de la PCR isotérmica como método de detección, con lo cual concluimos que el ensayo Abbott ID NOWTM COVID-19 es concordante con la RT-PCR convencional para la detección de SARS-CoV-2 y es útil cuando se requiere reducir el tiempo de respuesta.

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Biografía del autor/a

  • Esmeralda Campos-Aguirre, <p>Instituto Mexicano del Seguro Social, Centro M&eacute;dico Nacional Siglo XXI, Banco de Sangre. Ciudad de M&eacute;xico, M&eacute;xico.</p>

    Patología Clínica

    Maestría en Ciencias de la Salud

  • Nelly Davila-Estrella, <p>Instituto Mexicano del Seguro Social, Centro M&eacute;dico Nacional Siglo XXI, Banco de Sangre. Ciudad de M&eacute;xico, M&eacute;xico.</p>

    Químico Farmacobiólogo

  • Gamaliel Benitez-Arvizu, <p>Instituto Mexicano del Seguro Social, Centro M&eacute;dico Nacional Siglo XXI, Banco de Sangre. Ciudad de M&eacute;xico, M&eacute;xico.</p>

    Director de Banco de Sangre 

    Patologo Clinico (IMSS/UNAM)

    Maestro en Ciencias Medicas (UNAM)

    Doctor en Medicna (IPN)

     

Referencias

Knihs N da S, Paim SMS, Magalhães ALP, et al. Care actions in obtaining tissues and organs during the COVID-19 pandemic: a mixed methods study. Rev Bras Enferm. 2022;75. doi: 10.1590/0034-7167-2021-0613.

Segura-Ulate I, Bolívar-González A, Madrigal-Redondo G, et al. Reverse-Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification and alternative protocols for lower cost, large-scale COVID-19 testing: lessons from an emerging economy. Rev Biol Trop. 2022;70(1):173-89. doi: 10.15517/rev.biol.trop..v70i1.47407.

Wölfel R, Corman VM, Guggemos W, et al. Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature. 2020;581(7809):465-9. doi: 10.1038/s41586-020-2196-x.

Mercer TR, Salit M. Testing at scale during the COVID-19 pandemic. Nat Rev Genet. 2021;22(7):415-26. doi: 10.1038/s41576-021-00360-w

Ahmadzadeh M, Vahidi H, Mahboubi A, et al. Different Respiratory Samples for COVID-19 Detection by Standard and Direct Quantitative RT-PCR: A Literature Review. Iranian Journal of Pharmaceutical Research. 2021;20(3):285-99. doi: 10.22037/IJPR.2021.115458.15383.

Carter LJ, Garner LV, Smoot JW, et al. Assay Techniques and Test Development for COVID-19 Diagnosis. ACS Cent Sci. 2020;6(5):591-605. doi: 10.1021/acscentsci.0c00501.

Ganguli A, Mostafa A, Berger J, et al. Rapid isothermal amplification and portable detection system for SARS-CoV-2. Proc Natl Acad Sci U S A. 2020;117(37):22727-22735. doi: 10.1073/pnas.2014739117.

De Felice M, De Falco M, Zappi D, et al. Isothermal amplification-assisted diagnostics for COVID-19. Biosens Bioelectron. 2022;205. doi: 10.1016/j.bios.2022.114101.

Chaouch M. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): An effective molecular point-of-care technique for the rapid diagnosis of coronavirus SARS-CoV-2. Rev Med Virol. 2021;31(6). doi: 10.1002/rmv.2215.

More N, Ranglani D, Kharche S, et al. Current challenges in identification of clinical characteristics and detection of COVID-19: A comprehensive review. Measurement: Sensors. 2021;16. doi: 10.1016/j.measen.2021.100052.

Fan SL. Application of Abbott ID NOW in the emergency department for SARS-CoV-2 detection: A medical center’s perspective. Clin Biochem. 2023;117:30-3. doi: 10.1016/j.clinbiochem.2022.04.007.

Tu YP, Iqbal J, O’leary T. Sensitivity of id now and rt–pcr for detection of sars-cov-2 in an ambulatory population. Elife. 2021;10:e65726. doi: 10.7554/ELIFE.65726.

Barker KR, Small LN, Thai DV, et al. Evaluating the Ability to ID (COVID-19) NOW: a Large Real-World Prospective Evaluation of the Abbott ID NOW COVID-19 Assay. Microbiol Spectr. 2022;10(3):e00513-22. doi: 10.1128/spectrum.00513-22.

Pattnaik D, Poddar N, Pathi BK, et al. Comparative Evaluation of Cartridge-Based Abbott ID NOW Test With Probe-Based Real-Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction Assay for Detection of SARS-CoV-2. Cureus. 2022;14(2). doi: 10.7759/cureus.22470.

LeBlanc JJ, McCracken GR, Goodall B, et al. Avoiding false positive SARS-CoV-2 rapid antigen test results with point-of-care molecular testing on residual test buffer. Microbiol Spectr. 2022;10(4):e0063922. doi: 10.1128/spectrum.00639-22.

Barnacle JR, Houston H, Baltas I, et al. Diagnostic accuracy of the Abbott ID NOW SARS-CoV-2 rapid test for the triage of acute medical admissions. Journal of Hospital Infection. 2022;123:92-99. doi: 10.1016/j.jhin.2022.02.010.

Srivastava S, Singh P, Malhotra R, et al. Comparison of Abbott ID NOW, a novel isothermal amplification based COVID-19 diagnostic method with RTPCR. J Virol Methods. 2022;304. doi: 10.1016/j.jviromet.2022.114521.

COVID-19 Treatment Guidelines Panel. Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Treatment Guidelines. National Institutes of Health. Disponible en: https://www.covid19treatmentguidelines.nih.gov/

Lee J, Song JU. Diagnostic accuracy of the Cepheid Xpert Xpress and the Abbott ID NOW assay for rapid detection of SARS-CoV-2: A systematic review and meta-analysis. J Med Virol. 2021;93(7):4523-31. doi: 10.1002/jmv.26994.

Mahmoud SA, Ganesan S, Ibrahim E, et al. Evaluation of six different rapid methods for nucleic acid detection of SARS-COV-2 virus. J Med Virol. 2021;93(9):5538-43. doi: 10.1002/jmv.27090.

Subsoontorn P, Lohitnavy M, Kongkaew C. The diagnostic accuracy of isothermal nucleic acid point-of-care tests for human coronaviruses: A systematic review and meta-analysis. Sci Rep. 2020;10(1). doi: 10.1038/s41598-020-79237-7.

Lee CC, Lee YT, Wang CH, et al. Guidelines for COVID-19 Laboratory Testing for Emergency Departments From the New Diagnostic Technology Team of the Taiwan Society of Emergency Medicine. J Acute Med. 2022;12(2):45-52. doi: 10.6705/j.jacme.202206_12(2).0001.

Zhao Z, Li R, Ma Y, et al. Supporting Technologies for COVID-19 Prevention: Systemized Review. JMIRx Med. 2022;3(2):e30344. doi: 10.2196/30344.

Stokes W, Venner AA, Buss E, et al. Then and NOW: A Prospective Population-Level Validation of the Abbott ID NOW SARS-CoV-2 Device 2 Implemented in Multiple Settings for Testing 3 Asymptomatic and Symptomatic Individuals 4 5. MedRxiv. 2022;4(30):2227418. doi: 10.1101/2022.04.30.22274189.

He W, Yi GY, Zhu Y. Estimation of the basic reproduction number, average incubation time, asymptomatic infection rate, and case fatality rate for COVID-19: Meta-analysis and sensitivity analysis. J Med Virol. 2020;92(11):2543-50. doi: 10.1002/jmv.26041.

Zhang M, Zhou H, Truant AL. Problematic Specimens in an Academic Clinical Microbiology Laboratory: A Pilot Quality Assurance Study. American Society for Clinical Pathology. 2013;10(2):140-60. Disponible en: https://academic.oup.com/ajcp/article/140/suppl_1/A160/1771573.

Shinozawa S, Moriyama Y. Three SARS-CoV-2 PCR-negative cases of COVID-19 diagnosed using isothermal amplification methods. Journal of Infection and Chemotherapy. 2022;28(7):1005-7. doi: 10.1016/j.jiac.2022.04.002.

Babic N, Garner KS, Hirschhorn JW, et al. Evaluation of Abbott ID NOW COVID-19 POC test performance characteristics and integration in the regional health network workflows to improve health care delivery. Clin Biochem. 2023;117:69-73. doi: 10.1016/j.clinbiochem.2021.12.003.

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Publicado

03-05-2024

Número

Sección

Artículo de opinión